Формирование музейной коллекции началось с первых дней работы музея (филиала Алтайского краевого краеведческого музея).
В1976 года в школе работал школьный музей В.М. Шукшина (рукодитель Ядыкина Н.А.), в том же году состоялись первые Шукшинские чтения, которые с каждым годом набирали мощь и размах, увеличивая широту географии адресов участников и гостей.
Основу музейной коллекции составили передачи из музея В.М. Шукшина при Бийском педагогическом институте, из школьного музея, а также дары матери, Марии Сергеевны.
Первыми экспонатами музея стали: актерский реквизит к фильму "Калина красная" (присланный с киностудии "Мосфильм", передала из школьного музея Н.А. Ядыкина), прижизненные книги и публикации В.М. Шукшина и литература о нем (передала Д.И. Фалеева), литературные сценарии "Печки-лавочки", "Живет такой парень", программы спектаклей, личные вещи В.М. Шукшина, переданные матерью Марией Сергеевной.
Книги, документы, афиши и программы спектаклей поступали в музей из разных уголков страны. Из Москвы, от семьи В.М. Шукшина были переданы издания Василия Макаровича на иностранных языках, личные вещи, рукопись рассказа "Гена-пройдисвет", другие материалы.
Изучение родословной В.М. Шукшина, истории села Сростки положило начало формированию фонда по Истории села (в настоящее время насчитывает более 2-х тысяч единиц хранения).
С первых лет формируется и коллекция предметов изобразительного искусства, посвященных личности и творчеству В.М. Шукшина (более 300 единиц). Первоначально - дары художников края, Г.П. Захарова и других во время Шукшинских чтений. В коллекции представлены работы Елены Романовой, Ивана Попова, Илзе Рудзите, Николая Барченкова, Ипполита Новодережкина, Александра Дерявского, Владимира Раменского, Алексея Малышева и других.
Фонды музея-заповедника включают:
Тематические коллекции Л.М. Воеводиной, И.А. Иванова, В.В. Коршунова, Е.С. Лимарь, И.П. Попова, Н.И. Стопченко.
В настоящее время в связи с музеефикацией дома, где прошли детские годы В.М. Шукшина, для создания будущей экспозиции комплектуется коллекция предметов быта 40-50-х годов.
В научно-вспомогательном фонде выделяется коллекция даров (подарков) Музею, среди которых книги, публикации, сувениры с памятными автографами от известных писателей, актеров, деятелей искусства и культуры, видных общественных деятелей.
На 1 января 2014 г. общий объем музейного фонда составляет 21 633 ед. хр., в т.ч. ОФ – 16 830 ед. хр., НВФ – 4 803 ед. хр. За 2013 год на государственный учет принято - 279 ед. хр., из них в ОФ - 160, в НВФ -119.
В том числе по видам источников:
| Вид предмета | Основной фонд | Научно-вспомогательный фонд | |
| 02 | Живопись | 3 | 2 |
| 03 | Графика | 7 | 0 |
| 04 | Скульптура | 0 | 0 |
| 05 | Предметы приклад. искусства, быта и этнографии | 64 | 1 |
| 06 | Предметы нумизматики | 0 | 0 |
| 07 | Предметы археологии | 0 | 0 |
| 08 | Редкие книги | 3 | 0 |
| 09 | Оружие | 0 | 0 |
| 10 | Документы | 26 | 37 |
| 11 | Предметы естественно-научной коллекции | 0 | 0 |
| 12 | Предметы истории техники | 3 | 0 |
| 13 | Предметы печатной продукции | 42 | 52 |
| 14 | Прочие | 12 | 27 |
Особый интерес представляют:
• Мемориальный диван из семьи Зиновьевой Н.М., купленный В. М. Шукшиным;
• Дамская сумочка. Подарок Шукшина В.М. сестре Наталье Макаровне;
• Теоретическая часть диплома В.М. Шукшина «Из Лебяжьего сообщают», датируемая 12 декабря 1960 года;
• Рукописи набросков текста к беседе В.М. Шукшина с журналистом Л.Д. Ягунковой, выполненные Шукшиным;
• Записка В.М. Шукшина, адресованная Л.Д. Ягунковой;
• Материалы научной конференции (октябрь, 2004 год) «Герой Василия Шукшина как воплощение национального характера»: – М.: ВГИК, 2006.;
• Кинопроектор «Маяк» и кинодокументы с записью Шукшинских чтений 1978, 1986, 1987, 1988 гг.
• История советского кино 1917-1967 в четырех томах. Издательство «Искусство», Москва.
• Текстильное рукоделие жителей села Сростки;
• В коллекцию предметов изобразительного искусства поступили работы этюдного характера Попова И.П. «Байкальские зарисовки» и произведение Емельянова А.Е. Портрет В.М. Шукшина. 2009 г. Холст, масло, 80х85 см.
